In de backend van Magento 2 kan je aanzetten dat een canonical link geplaatst moet worden. Die optie is te vinden op de volgende locatie:

Stores > Configuration > Catalog > Catalog > Search Engine Optimalisation

Als je die aan zet dan worden er canonical links toegevoegd aan desbetreffende paginas.

Het is nodig dat je deze optie aanzet voordat er uberhaupt een canonical URL in de pagina getoond wordt.